Evaluación comparativa del desempeño de modelos matemáticos de expresión relativa de genes con datos de PCR en tiempo real en dos modelos biológicos
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2023
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Resumen
El análisis de expresión diferencial en la transcriptómica es una de las estrategias más usadas en el estudio del efecto de diversas perturbaciones, ya que permite estimar los cambios relativos de expresión en los distintos modelos biológicos. Esta expresión de genes se puede visualizar con datos de PCR en tiempo real, los cuales se expresan como una curva de amplificación. En estos ensayos, se emplea la fase logarítmica, cuya eficiencia sería presuntamente de 100%, sin embargo, la realidad no es esta, por lo es importante calcular la eficiencia y normalizar los datos de las amplificaciones para evitar un sesgo en la interpretación de los datos. Para establecer cómo evaluar estos cambios en la expresión de genes de manera adecuada, se recurrió a evaluar comparativamente el desempeño de tres métodos matemáticos. La primera métrica empleada fue curva estándar, la cual implica una mayor cantidad de trabajo y costo, pero que constaba de cálculos matemáticos simples. Los dos métodos propuestos restantes se basan en curvas de las réplicas para eficiencias específicas por reacción, las cuales cuentan con la ventaja de que valora la eficiencia real de cada amplificación. Se evaluó el desempeño de dichos métodos matemáticos para estimar la eficiencia y la expresión relativa de genes en dos modelos biológicos mediante el uso de estrategias comparativas. El primer modelo biológico empleado fue la cepa bacteriana Pseudomonas aeruginosa AG1 (PaeAG1). P. aeruginosa es una bacteria Gram Negativa de gran importancia médica al ser responsable de gran parte de las infecciones nosocomiales a nivel mundial. El segundo fue dos líneas celulares de cáncer gástrico infectadas con Helicobacter pylori, el cual es un patógeno relacionado con el desarrollo de gastritis, úlceras gástricas y duodenales, y cáncer gástrico. A partir de los datos obtenidos, se observó que el método de curva estándar tendea dar eficiencias estimadas de 100%...
Descripción
Tesis (licenciatura en microbiología y química clínica)--Universidad de Costa Rica. Facultad de Microbiología, 2023
Palabras clave
BIOLOGIA MOLECULAR, GENES - EVALUACIÓN - MODELOS MATEMÁTICOS, HELICOBACTER PYLORI, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA