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Examinando Biología por Materia "ADN"
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Ítem Determinación de la diversidad de la microbiota intestinal asociada al pepino de mar Holothuria (Halodeima) inornata, Semper, 1898 (Holothuriida: Holothuriidae) en Costa Rica(2022) González Sánchez, Kaylen Nohely; Alvarado Barrientos, Juan JoséLa microbiota intestinal se define como la comunidad de bacterias, archaeas y microorganismos eucariotas que habitan en el intestino de un hospedero. Esta comunidad forma un sistema dinámico relacionado con el desarrollo del sistema inmune, protección contra patógenos, fisiología y alimentación del hospedero, favoreciendo la salud del mismo. Cuando se toman en cuenta genes y metabolitos relacionados con la microbiota, se habla de microbioma. Los pepinos de mar son organismos exclusivamente marinos que pertenecen a la clase Holothuroidea, del filo Echinodermata. Poseen papeles ecosistémicos importantes como depredadores, herbívoros y presas, contribuyen con la transferencia de energía y oxigenación del ecosistema marino, reducen la estratificación de sedimentos, mejoran la productividad de la biota del bentos y amortiguan la acidificación oceánica. La microbiota intestinal de los pepinos de mar participa en la generación de metabolitos y enzimas que les permiten aumentar la tasa de asimilación de materia orgánica, excreción de fósforo inorgánico y nitrógeno. La microbiota intestinal podría ejercer un rol importante sobre las funciones ecológicas de los holoturoideos. De acuerdo a la literatura consultada, a la fecha no existen estudios de microbiota intestinal en organismos marinos en Costa Rica. En esta investigación se describe la diversidad microbiana del intestino del pepino de mar Holothuria (Halodeima) inornata Semper, 1968, mediante metagenómica, estrategia independiente de cultivo. Para caracterizar la comunidad bacteriana se utilizó la secuenciación masiva del gen 16S ARNr. Se trabajó con 8 organismos de un arrecife rocoso submareal del Pacífico Norte de Costa Rica. Este estudio de H. inornata determinó que se obtiene ADN de mejor calidad cuando se utiliza RNAlater para el almacenamiento de las muestras...Ítem Optimización del protocolo de extracción de ADN en la araña Theridion evexum (Theridiidae) y diseño de imprimadores para microsatélites propios para la especie(2024) Madrigal Brenes, Ruth; Barrantes Montero, GilbertLa destrucción de ambientes naturales debido al cambio de uso del suelo y la urbanización descontrolada amenaza a numerosas especies. A pesar de la severidad de este problema, existe un vacío de información en el estudio del efecto del aislamiento causado por la fragmentación y urbanismo sobre la diversidad genética de arañas, principalmente por la falta de marcadores moleculares específicos. El objetivo principal de este trabajo final de graduación fue diseñar microsatélites para la araña Theridion evexum utilizando secuenciación de nueva generación y protocolos bioinformáticos, utilizando un supercomputador y herramientas como Galaxy, pal_finder y la herramienta MiMi (Fox et al. 2019). Los microsatélites genómicos (SSR) son, por lo general, altamente polimórficos y óptimos para el estudio de diversidad genética y flujo génico. Otro objetivo fue desarrollar códigos de barras genéticos para identificar individuos en diferentes estadios o con dimorfismo sexual, lo que será de gran utilidad para investigaciones futuras que requieran marcadores moleculares de bajo costo. Los resultados obtenidos en la investigación incluyeron la optimización de la extracción de ADN, la creación de códigos de barras genéticos (www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank, números de accesión: PP067752, PP067753, PP067754, PP067755, PP067756, PP067757), la secuenciación de nueva generación con una baja cobertura de 4X y el análisis bioinformático para la identificación de microsatélites. Se obtuvo un total de 3999 posibles microsatélites. Después de filtrar por loci polimórficos con riqueza alélica mayor a tres y presencia de éstos en al menos el 62,5% de los individuos (N=5 de 8) analizados, se obtuvieron 34 marcadores. Una prueba in vivo de 13 de estos 34 marcadores demostró polimorfismo en 12 loci, con al menos tres alelos detectables. La optimización de estos marcadores permitirá mejorar la comprensión de los efectos de la fragmentación...