Maestría Académica en Microbiología

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Aislamiento y caracterización bioquímica y toxicológica de una fosfolipasa acída del veneno de Bothrops Asper
(2010) Fernández Ulate, Julián; Lomonte Vigliotti, Bruno
Las fosfolipasas A2 (PLA2s) son uno de los principales componentes de los venenos de serpiente y ejercen una gran variedad de actividades tóxicas como neurotoxicidad y miotoxicidad, entre otras. Dado que la mayoría de PLA2s tóxicas son proteínas básicas, las isoformas acídicas y sus posibles papeles en los venenos son menos conocidos. En este trabajo, una enzima acídica (BaspPLA2-II) fue aislada del veneno de Bothrops asper (región del Pacífico de Costa Rica) y caracteriz.ada. BaspPLAi-II es monomérica, con una masa de 14.212±6 Da y un punto isoeléctrico de 4,9. Su secuencia completa de 124 aminoácidos se dedujo a través de su ADN copia y mediante la secuenciación automatizada de sus aminoácidos. Pertenece al grupo Asp49, de enzimas catalíticamente activas. Ensayos in vivo e in vitro demostraron que BaspPLA2-II, en contraste con las PLA2s básicas Asp49 presentes en el mismo veneno, carece de actividad miotóxica, citotóxica y anticoagulante. La enzima BaspPLA2-II también se diferenció de otras PLA2s acfdicas descritas en venenos de Bothrops spp., ya que no generó hipotensión ni inhibición de la agregación plaquetaria. Además, esta enzima no fue letal para ratones, con dosis intravenosas de hasta 100 μg (5,9 μg/g), lo que indica su falta de actividad neurotóxica. El único efecto tóxico registrado in vivo fue una inducción moderada de edema local. Por lo tanto, las características toxicológicas de BaspPLA2-II sugieren que no juega un papel clave en la fisiopatología del envenenamiento por B. asper y que su papel estaría limitado a funciones digestivas. Los análisis inmunoquímicos con anticuerpos contra BaspPLAi-II revelaron que las PLA2s acíclicas y básicas forman dos grupos antigénicamente diferentes en el veneno de B. asper.
Análisis de estructura genética y diversidad de tres poblaciones de Costa Rica, México y el Suroeste de Estados Unidos relacionadas con la esquizofrenia, utilizando marcadores Y-STRs y ADNmt
(2005) Campos Sánchez, Rebeca; Silva de la Fuente, Sandra María
Se estudiaron 217 individuos masculinos hispanos relacionados con la esquizofrenia provenientes de Costa Rica (CR 120 individuos), el suroeste de Estados Unidos de América (EUA 42 individuos) y México (MX 55 individuos) utilizando 12 Y-STR (DYS19, DYS 3851111, DYS389IíI1, DYS390, DYS391, DYS392, DYS437, DYS438 y DYS439) del kit PowerPlexOY System (Promega) y la secuencia de la región HVI del ADNmt (imprimadores L15997 y H16401). Los datos de los microsatélites del cromosoma Y muestran una diversidad génica promedio en Costa Rica de 0,675, en EUA de 0,614 y en México de 0,608. Se obtuvieron 103 haplotipos en CR, dentro de estos se obtuvieron 14 haplotipos compartidos. En la población de EUA se obtuvieron 40 haplotipos, entre ellos sólo 2 compartidos y en la población mexicana se obtuvo un total de 51 haplotipos, de los cuales 2 son compartidos. Para las tres poblaciones la diversidad haplotipica fue de 99%. El número promedio de diferencias entre individuos (pairwise differences) dentro de cada población fue de 8,099,7,368 y 7,300 para CR, EUA y MX respectivamente. Al graficar la distribución de diferencias (Mismatch distribution) se observa una distribución unirnoda1 que muestra una expansión masculina común a las tres poblaciones. No se hallaron haplotipos compartidos entre las tres poblaciones de estudio para los Y-STR, sin embargo, entre EUA y MX se hallaron 4 haplotipos compartidos y 1 entre CR y EUA. Esto es evidencia de migración o de una historia compartida relacionada con la colonia y el ingreso de españoles y portugueses, principalmente; además de linajes amerindios y mezcla con africanos. La estructura de las poblaciones para los Y-STR mostró un valor Rst de 0,04 (P<0,001). Específicamente, los marcadores que influyen en este resultado son el DYS392 y el DYS439. Al separar las poblaciones en regiones los resultados fueron significativos (Rst:0,038, P<0,01), siendo los marcadores DYS389II, DYS392 y DYS439 relevantes...
Análisis del impacto de los elementos genéticos móviles del genoma accesorio y las mutaciones del genoma central en la microdiversificación de la cepa NAP CR1 de Clostridium Difficile: Analysis of the impact of mobile genetic elements from the accessory genome and mutations from the core genome in the microdiversification of the Clostridium difficile NAP CR1 strain
(2016) Murillo Corrales, Tatiana Sonia; Rodríguez Sánchez, César Augusto
Clostridium difficile, el principal agente productor de diarreas a nivel hospitalario, se caracteriza por tener un genoma central pequeño y un mobiloma muy diverso. Análisis previos de la cepa epidémica NAP1/ST01 concluyeron que la especie es clonal. Sin embargo, estudios recientes sugieren que otros linajes de C. difficile pueden diversificar por recombinación y/o adquisición de elementos genéticos móviles (EGM) en lugar de mutaciones discretas. Un grupo diverso de aislamientos con patrones de macrorestricción distintivos pero todos agrupados por PFGE y MLST como NAPcR1/ST54 produjo, en conjunto con la cepa NAP1/ST1, un brote en Costa Rica por razones aún no conocidas. Para confirmar que la inusual diversidad de NAPcR1 es producto principalmente de la microdiversificación de su genoma accesorio y no de la acumulación de mutaciones en el genoma central, se compararon aislamientos clínicos de NAPcR1/ST54y NAP1/ST1 que coexistieron en espacio y tiempo. A esta colección de secuencias genómicas se les determinó el número y tipo de SNPs en el genoma central, la tasa dN/dS, el tamaño del pangenoma, la cantidad de grupos de genes únicos y la presencia de EGM diferenciales. Los resultados indicaron que ambos pulsotipos acumulan mutaciones pero que las cepas del pulsotipo NAP1/ST1 tienen más mutaciones no-sinónimas y que, por tanto, están bajo el efecto de la selección purificadora positiva. Por el contrario, las cepas NAPcR1/ST54 tienen un genoma accesorio y un pangenoma más grande, diverso y con más EGM. Estos EGM se asociaron a microdiversficación porque su presencia/ausencia coincide con la topología de un árbol de máxima parsimonia generado con matrices de comparación pangenómica. Cuando las secuencias de algunos EGM fueron removidas artificialmente de los genomas NAPcR1/ST54, las distancias de las ramas en un árbol de presencia/ausencia de grupos de genes en el pangenoma colapsaron. La secuencia de estos EGM incluye genes...
Babesia Spp. en perros dentro y fuera del Valle Central de Costa Rica: prevalencia en sangre y garrapatas, seroprevalencia y factores de riesgo
(2017) García Quesada, Andrea; Dolz Wiedner, Gaby
La babesiosis canina es una enfermedad producida por un parásito del género Babesia, que ocasiona la destrucción de los glóbulos rojos, causando manifestaciones clínicas sistémicas que van desde leves hasta severas. El objetivo del presente trabajo fue determinar la seroprevalencia y la prevalencia de Babesia spp. en caninos dentro y tuera del Valle Central de Costa Rica. establecer la presencia de Babesia spp. en garrapatas, e identificar los factores de riesgo y las alteraciones en los valores hematológicos asociados a la babesiosis canina. Mediante lnmunofluorescencia Indirecta (IFI) se determinó una seroprevalencia de B. canis vogeli de 5% (24/453) a nivel nacional, 2% (5/253) dentro del Valle Central y 10% (19/200) fuera del Valle Central. Los caninos seropositivos presentaron trombocitopenia, monocitopenia y anemia (p¿0.05) en comparación con los caninos seronegativos. Los siguientes factores se asociarona caninos seropositivos a Babesia canis vogeli: vivir fuera del Valle Central, talla mediana, vivir con más de tres perros, grado de infestación con garrapatas, presencia de garrapatas y presencia de la especie Rhiphicephalus sanguineus s.l. y 1 de la especie Amblyomma ovale, presentar en el pasado anorexia, fiebre, debilidad, pérdida de pelo, problemas respiratorios y picazón y presentar fiebre en el examen objetivo general. Mediante PCR en tiempo real (qPCR) se determinó una prevalencia de B. canis vogeli global de 31% (125/400), 21% (47/220) dentro del Valle Central, y 43% (78/180) fuera del Valle Central, mientras que un 30% (42/142) de garrapatas recolectadas sobre los perros resultaron infectadas, 41 de la especie R. sanguineus s.l. Los siguientes factores de riesgo fueron asociados a caninos qPCR positivos a B. canis vogeli: vivir fuera del Valle Central, tener propietario, vivir con solamente una o con más de cuatro personas, y grado de infestación con garrapatas. Se identificaron 111 caninos con infección temprana...
Biodisponibilidad de tetraciclinas y análisis de la resistencia bacteriana a estos antibióticos en alimentos para la nutrición animal producidos y comercializados en Costa Rica
(2017) Granados Chinchilla Fabio; Rodríguez Sánchez, César Augusto
Este trabajo se divide en tres partes: i. desarrollo de una metodología analítica para determinar tetraciclinas en alimentos para animales mediante cromatografía líquida con detección por fluorescencia, ii. determinación de la fracción biodisponible de tetraciclinas y iii. comparación de datos de concentración y tipo(s) de tetraciclina(s) presentes en alimentos diversos alimentos. Se buscaron bacterias resistentes a oxitetraciclina, se les identificó y determinó su nivel de resistencia. A pesar del uso de tetraciclinas y macrólidos como aditivos en la nutrición animal, existen pocos métodos para su determinación simultánea en alimentos para animales. Al acoplar una extracción orgánica con un paso de limpieza y concentración en fase sólida y una separación cromatografíca líquida de alto desempeño con derivatización post columna en fase no acuosa, se logró detectar desde 0.2 μg kg-1 a 24.0 μg kg-1 de tetraciclina, oxitetraciclina, clortetraciclna, doxiciclina, tigeciclina y 4-epitetraciclina. La minociclina y la tilosina pudieron ser determinadas utilizando espectrofotometría ultravioleta. Se obtuvieron respuestas lineales con coeficientes de determinación entre 0.996 y 0.999 para todos los analitos en rangos de concentración entre los (0.5-10) mg kg-1. Con recuperaciones promedio de 59% y 97% de tetraciclinas y entre 98% y 102% para tilosina. Cuando este método se aplicó a 20 muestras de alimento balanceado para animales comercializados en Costa Rica, incluyendo cerdo (n=5), tilapia (n=5), pollo (n=5) y camarón (n=5), se detectaron incongruencias en el etiquetado oficial de garantía (ver manuscrito No. 1). En el segundo manuscrito se estimó el efecto de la concentración total de proteínas y de calcio sobre la biodisponibilidad de tetraciclinas, así como epímeros que pudieron generarse durante el almacenamiento del alimento y otros derivados de las...
Caracterización de doce nuevos alelos observados en una muestra costarricense en el marcador STR de uso forense D18S51
(2009) Morales Valverde, Ana Yanssy; Silva de la Fuente, Sandra María
El Departamento de Ciencias Forenses en Costa Rica estudió aproximadamente 10,000 transferencias alélicas de padre/hijo y 14,500 madre/hijo utilizando los sistemas PowerPlex®16 y/o AmpF/STR®Identifiler® para detectar desviaciones de los patrones mendelianos de herencia esperados. En ambos sistemas se incluye el marcador de pequeñas repeticiones en tándem (STR) D18S51, un STR altamente polimórfico con una escalera de alelos conocidos en el rango de 7-27 repeticiones y que se encuentra ampliamente incluido en las Bases de ADN en el mundo. Se observó un patrón que sugería la presencia de alelos nulos o silentes en el locus D18S51 en 25 transmisiones alélicas paternas y en 43 maternas, puesto que tanto el progenitor como el hijo aparentaban ser homocigotos para diferentes alelos en el mismo locus Las exclusiones con perfiles homocigotas en D18S51 fueron previamente asociadas con patrones trialélicos en el locus Penta E cuando eran detectados por PowerPlex®16. Los presuntos alelos nulos fueron reanalizados con el uso de un juego de imprimadores alternos. Los 68 casos mostraron perfiles heterocigotos donde uno de los alelos de cada muestra se presentaba fuera del rango de la escalera alélica del D18S51. El análisis de las secuencias de los alelos fuera del rango de la escalera reveló doce nuevos alelos que se designaron de acuerdo con el número de repeticiones AGAA de la siguiente forma: 28, 29, 30, 31, 32, 33 , 34, 35, 36, 37, 38 y 40. Adicionalmente se presentan dos investigaciones de paternidad en las que se observó mutaciones de un paso en D 18S51 que involucraban los alelos 28 -29 y 31-32. Los alelos fuera del rango de las escaleras alélicas tienen serias implicaciones para el análisis semiautomatizado de los STRs porque pueden ser causantes de falsa pérdida de heterocigosis y falsos patrones de tres alelos. Por esta razón, nuestra observación debe ser considerada en la evaluación...
Caracterización de dos comunidades microbianas de ambientes extremos ácidos del Parque Nacional Volcán Rincón de la Vieja, Guanacaste, Costa Rica
(2012) Hernández Ascencio, Walter Ismael; Mora López, Marielos
First description of a microbial community inhabiting an extreme acidic environment at Las Pailas geothermal field, Rincon de la Vieja Volcano National Park, Costa Rica. Extremophilic microorganisms are those that thrive in environments with extremes of temperature, salinity, pH or concentration of heavy metals, among others. They are interesting for their unique ecology and physiology and their potential biotechnological applications. Tropical regions are hot spots of extremophile microbial diversity, however, they are highly unreported in the scientific literature. In Costa Rica, for example, there are only a few reports about studies conducted in acidic environments associated with Poas and Rincon de la Vieja volcanoes. This paper describes the composition of a microbial community inhabiting the edge of an acidic hot mud pool that belongs to a set of acidic hydrothermal manifestations, known as Las Pailas geothermal field, located in the Rincon de la Vieja Volcano National Park. The aim is to increase the knowledge about diversity of Costa Rican and tropical extremophilic microorganisms. The microbial community was evident as a green film on the surface of a mud accumulation with a pH of 2.5, high concentrations of sulfate and metal ions and exposed to hot vapors from the mud pool. The microorganisms were observed by light microscopy, transmission electron microscopy and scanning electron microscopy. 16S rDNA librarles were constructed for chloroplast, Bacteria and Archaea. They were grouped according to restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) anda representative of each cluster was sequenced. Sequences were aligned to built phylogenetic trees that showed severa] of the microbia] groups present in the sample. Microscopic observations revealed that the community was dominated by Cyanidiales algae and that pennate diatoms and prokaryotes also were present. 16S rDNA sequences were associaed mostly with enviromental clones from sites...
Caracterización fenotípica y molecular de Metalo-B-Lactamasas en aislamientos hospitalarios de Pseudomonas aeruginosa
(2008) Toval Maldonado, Francisco; García Santamaría, Fernando
Se estudiaron 198 aislamientos de Pseudomonas aeruginosa recuperados del Hospital México entre noviembre 2004 y octubre 2005. Debido a la resistencia mostrada a los carbapenemes, se investigó la presencia de las metalo-ß-lactamasas IMP, VIM, SPM-1, GIM-1 y SIM-1 mediante E- test MBL y PCR múltiple. Además, se estudió la posible asociación con integrones de clase 1 mediante PCR y secuenciación de los cassettes génicos y se compararon los aislamientos metalo-ß-lactamasas (MBL) positivo con la técnica RAPO empleada por Madriz-Garita. Los dos hallazgos más relevantes de la presente investigación son la presencia de dos genes diferentes, blaIMP y bLaVIM, en la mayoría de los aislamientos de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenemes, y que ambos genes no están, aparentemente, asociados a integrones de clase 1. Los resultados de la secuenciación de la región variable de los integrones de clase 1 mostró la presencia de los genes aacA4, aadA2, aadA6, orfD y qacF distribuidos en 18 aislamientos sensibles a imipenem y meropenem, mientras que, aunque los aislamientos MBL positivo presentaron integrones de clase 1, no se obtuvo amplicones con los primers 5'CS y 3'cs utilizados para determinar la presencia de cassettes génicos. Un tercer hallazgo significativo es que los aislamientos de P. aeruginosa portadores de los genes blaIMP y blaVIM pertenecen a varios grupos o clones genéticamente diversos, por lo que cabe la posibilidad de plásmidos conjugativos u otros elementos genéticos móviles que efectúen una transferencia horizontal de blaIMP y blaVIM simultáneamente entre diferentes cepas de P. aeruginosa.
Desarrollo de un antiveneno preparado en gallinas contra el veneno de la serpiente Oxyuranus scutellatus y su comparación con una formulación similar preparada con inmunoglobulinas equinas
(2016) Navarro Arias, Diego; León Montero, Edwin Guillermo
Debido a que la inmunogenicidad de una molécula depende entre otras cosas de la distancia filogenética entre el organismo del cual dicha molécula se deriva y el organismo cuyo sistema inmune quiere estimularse, es posible que los antivenenos producidos en gallinas tengan un perfil de inmunoreactividad menos diverso que el obtenido en caballos y consecuentemente podrian ser menos eficaces. Con el objetivo de comparar la respuesta por anticuerpos inducida por el veneno de taipán en caballos y gallinas para evaluar si la especie seleccionada como fuente de inmunoglobulinas afecta la efectividad, eficacia y seguridad de los antivenenos formulados con estos anticuerpos, se preparó un antiveneno empleando inmunoglobulinas Y (lgY) purificadas a partir de yemas de huevos de gallinas inmunizadas con el veneno de la serpiente Oxyuranaus scutellarus (taipán). Este antiveneno (AvDG) fue comparado con un antiveneno similar formulado con IgG equina (AvDC). En comparación con el AvDC, el AvDG mostró menor capacidad para reconocer la toxina oscutarina C, y a la sub-unidad ex de la taipoxina. Consecuentemente, el A vDG mostró menor capacidad neutralizante de la actividad coagulante in vitro y la letalidad del veneno. Por otro lado, el AvDG fue aproximadamente 17 veces más inmunogénico en conejos que el AvDC al ser administrado por vía intravenosa. Además, el AvDG fue aclarado más rápido que el AvDC. Las diferencias entre ambos antivenenos pueden estar relacionadas con la menor distancia filogenética entre serpientes y gallinas, comparada con la existente entre serpientes y caballos. Sin embargo, esta hipótesis necesita ser estudiada evaluando otros venenos, con el fin de detenninar si esto es una tendencia general. De ser este el caso, el uso de gallinas para producir anti venenos no seria tan eficaz como el uso de mamíferos. De igual forma, el hecho que las gallinas sean filogenéticamente más...
Detección y caracterización molecular de Anaplasma Phagocytophilum en garrapatas de perros y sangre de perros y equinos de diversas regiones de Costa Rica
(2015) Campos Calderón, Lilliana; Dolz Wiedner, Gaby
Anaplasma phagocytophilum es el agente causal de la anaplasmosis granulocítica que afecta tanto a los humanos como a diversas especies de animales domésticos y silvestres por lo que tiene impacto en la salud veterinaria y pública. En Costa Rica, hasta el momento, no se han realizado estudios moleculares para determinar su presenciaenposibles vectores y animales domésticos hospederos; por lo que el principal objetivo de este trabajo fue determinar la presencia A. phagocytophilum en muestras de garrapatas de perros, así como sangre de perros y caballos de diferentes regiones de Costa Rica, mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Además se buscó identificar molecularmente las cepas presentes mediante análisis de secuenciación. Para ello se analizaron fragmentos del gen ARNr 16S de A. phagocytophilum de 161 muestras de garrapatas de perros, 420 muestras de sangre de perros y 339 muestras de sangre de equinos. Las muestras que resultaron positivas para este gen fueron analizadas con pruebas de PCR de diferentes regiones genómicas de especies de Anaplasma específicas: msp2 de A. phagocytophilum y groEL de A. phagocytophilum, Anap!asma p!atys, Anap!asma p/atys-likey Anaplasma phagocytophilum-variante Japón. Se determinó que dos (1.24%) muestras de garrapatas (Rhipicephalus sanguineus s.I.), tres (0.71 %) muestras sanguíneas de perros y ninguna muestra sanguínea de equino fueron positivas en el PCR del ARNr 16S. El análisis de las secuencias obtenidas para este gen confirmaron la presencia de A. phagocytophilum en las dos muestras de garrapatas pero no fueron concluyentes para establecer la especie de Anaplasma presente en las tres muestras de sangre de perros, ya que presentaron porcentajes de homología similares con A. phagocytophilum, A. platys y Candidatus Anap/asma camelii. La comparación general de las cinco secuencias obtenidas, muestra que no son idénticas entre sí...
Diagnóstico de infecciones causadas por Brucella ceti en cetáceos
(2011) Hernández Mora, María Gabriela; Moreno Robles, Edgardo
La brucelosis en cetáceos es causada por Brucella ceti y debido a la biología de estos animales, el acceso a nivel mundial a individuos positivos y en los cuales se haya logrado aislar esta bacteria es limitado. A nivel nacional, de 1O delfines rayados (Stenella coeruleoalba) encallados vivos o muertos en las costas del Pacífico, se logró aislar B. ceti a partir de tejidos del sistema nervioso central, líquido cefalorraquídeo, tejido del sistema retículoendotelial y reproductivo por lo que se pudo estudiar los hallazgos patológicos y por primera vez describir la sintomatología clínica presentada por estos animales confirmados como positivos. Así se determinó que esta bacteria además de producir problemas reproductivos, tal y como se ha descrito para otras especies del género Brucella, es capaz de causar la muerte en estos animales por meningoencefalomielitis y endocarditis, lo que no es usual en otros hospederos terrestres, excepto en humanos. Además, se logró diseñar y desarrollar un inmunoensayo ligado a enzimas indirecto (iELISA) en el que se utilizaron los sueros control obtenidos de estos animales. Tomando en cuenta la diversidad de especies existentes de cetáceos a nivel mundial, se desarrolló un conjugado con peroxidasa que reconociera las inmunoglobulinas G (G+L) de 17 especies diferentes como un único grupo. Para la estandarización se utilizaron los lipopolisacáridos de Brucella melitensis y Brucella- abortus, muestras de suero de 7 odontocetos en cautiverio sin historia de enfermedad infecciosa, negativos en la prueba de Rosa de Bengala (RBT) y muestras de 7 delfines infectados con B. ceti. Debido a la ausencia de una prueba de oro estándar, se comparó el rendimiento del iELISA desarrollado con inmunoensayos que usan proteína G (gELISA), ELISA competitivo (cELISA), Inmunofluorescencia (IF) y prueba Dot Blot (DB), usando como referencia el RBT en 179 muestras de su...
Diversidad genética de cuatro serovariedades de Salmonella frecuentemente aisladas en clínica humana en Costa Rica (Enteritidis, Typhimurium, I 1,4, [5],12:i:-, y Weltevreden
(2016) Duarte Martínez, Francisco Javier; Rojas Campos, Norman
n los últimos años el Centro Nacional de Referencia de Bacteriología (CNRB) de Costa Rica ha documentado un aumento importante en la referencia de aislamientos de 5almonella spp. de origen animal, ambiental y principalmente clínico humano, sobrepasando en el año 2013 los 200 aislamientos anuales. Las serovariedades 5. Typhimurium, 5. Enteritidis, S. 1 1,4,5,12:i:- y 5. Weltevreden se encuentran entre las más frecuentemente identificadas. Con la finalidad de determinar si existen clones específicos, responsables del aumento de los casos, brotes y conglomerados, se analizó la diversidad genética de 307 aislamientos pertenecientes a las serovariedades 5. Typhimurium, 5. 1 1,4,5,12:i:-, 5. Enteritidis y 5. Weltevreden utilizando la electroforesis de campo pulsado (PFGE) y empleando el protocolo estandarizado de la Red de Vigilancia PulseNet AL y C. Las cepas fueron recolectadas por el CNRB a través de la vigilancia basada en laboratorio, entre los años 2010 y 2013. Utilizando PFGE de los 121 aislamientos de 5. Enteritidis analizados se identificaron 17 pulsotipos distintos, caracterizados por una baja diversidad genética ya que el 83 % de los perfiles de macro restricción presentaron más de un 92,5 % de similitud genética con Xbal. Predominaron los perfiles CRINJEGX01.002 y CRINJEGX01.001. Además fue posible identificar pulsotipos asociados con resistencia al ácido nalidíxico (CRINJEGX01.001) y pulsotipos propios de cepas de origen extra intestinal. Tres de los cuatro pulsotipos más frecuentes (CRINJEGX01.0002, CRINJEGX01.0005 y CRINJEGX01.0012) no habían sido reportados a nivel latinoamericano al momento de la realización de este estudio. Para las 150 cepas de 5. Typhimurium y su variante monofásica 5. 1 1,4,5,12:i:- se determinó una alta diversidad genética. Se identificaron 53 pulsotipos distintos utilizando Xbal, con porcentajes de similitud que oscilaron entre 53 % y 100 %. Veinticuatro conglomerados fueron detectados...
Efecto del veneno de Bothrops asper en vasos linfáticos de mesenterio de ratón
(2009) Mora Rodríguez, Javier Francisco; Gutiérrez Gutiérrez, José María, 1954
El accidente ofídico por la especie Bothrops asper representa un problema de salud importante en Centroamérica y algunas partes de Suramérica. Estos envenenamientos presentan un daño severo del tejido a nivel local, donde se pueden encontrar manifestaciones clínicas como necrosis, hemorragia y un edema prominente. El edema se genera por una pérdida en el equilibrio de fluidos entre el intersticio y el compartimento vascular, los encargados de mantener este equilibrio son los vasos linfáticos. En el presente trabajo se estudió el efecto del veneno de Bothrops asper, y de algunas toxinas aisladas de este veneno, en los vasos linfáticos del mesenterio de ratón. El veneno de B. asper fue aplicado directamente sobre los vasos linfáticos colectores del mesenterio de ratón utilizando la metodología de microscopía intravital; de esta forma se determinó que el veneno de esta serpiente induce una contracción dosis dependiente de los vasos linfáticos, resultando en una reducción de su lumen y en una detención del flujo linfático. El efecto observado fue reproducido por un homólogo de fosfolipasa A2 miotóxico, conocido como miotoxina II, aislada de este veneno; no así por una metaloproteasa hemorrágica ni por una serina proteasa coagulante. En concordancia con lo anterior, al tratar el veneno con fucoidan, un inhibidor de miotoxinas, se logró inhibir el efecto sobre los vasos linfáticos, lo que no ocurrió al tratar el veneno con el inhibidor de metaloprotesas Batimastat Además, se determinó que el fucoidan reduce significativamente el edema inducido por el veneno de B. asper. Se había demostrado anteriormente la capacidad de la miotoxina II de inducir necrosis en el músculo esquelético, y se demuestra en este trabajo que además logra inducir una citotoxicidad en células de músculo liso en cultivo y promover un incremento de permeabilidad al ioduro de propidio en estas célula. Se utilizaron el Daflon...
Estudio comparativo de frecuencias alélicas, genotípicas y haplotípicas de los genes de los antígenos leucocitarios humanos (HLA) en donantes de sangre de Costa Rica y construcción de un registro de datos moleculares para HLA
(2010) Arrieta Bolaños, Esteban Roberto; Salazar Sánchez, Lizbeth
The Human Leukocyte Antigen (HLA) gene tic system is the most polymorphic in humans. lts most importan! function is to regulate the immune response by interacting with the T-cell receptor during the antigen presentation process. Its central role in the immune response and its extreme polymorphism make HLA most important in transplant therapy, and even more important with respect to haematopoietic stem cell transplantation. Consequently, typing of these antigens for compatibility studies has greatly developed in arder to cope with transplantation advances. Various molecular HLA typing methods are currently widespread. HLA allele and haplotype frequencies vary greatly among human populations and their description allows for the design of transplantation support resources like unrelated donar registries. These data are also interesting in terms of anthropology studies of the characterized population and also for biomedical research. These kind of studies have prompted the development of unrelated stem cell donar registries and cord blood banks, which help raising the probability of finding a compatible donar for a patient in need. Costa Rican stem cell transplantation programs desperately need the introduction of molecular HLA typing techniques. Also, a characterization of HLA allele and haplotype frequencies of this population, and the establishment of a national donar registry based on their molecular typing are needed. This study's aim is to study the allele, genotype and 2, 3 and 5 loci haplotype frequencies of HLA-A, HLA-B, HLA-Cw, HLA- DQBI and HLA-DRB 1,3,4,5 in the Costa Rica Central Valley Population (CCVP) using molecular typing of these genes in a sample of blood donors, with the compilation of the collected infonnation to create a molecular database on HLA Also, a comparison between HLA allele frequencies observed in the CCVP and those of other populations around the world was carried out. We anonymously and randomly obtained 130 samples...
Estudio de la capacidad floculante de bacterias productoras de polímeros extracelulares para su potencial utilización en sistemas de tratamiento aerobio con lodos activados
(2015) Mau Incháustegui, Silvia Margot; Uribe Lorío, Lidieth
La generación y mala disposición de aguas residuales es un problema creciente que causa un gran impacto a nivel ambiental. Las aguas superficiales han sido utilizadas tradicionalmente como medio de evacuación de los desperdicios humanos y productos químicos y fecales. La Universidad Nacional cuenta con una Planta de Tratamiento de Aguas cuya función principal es la depuración, previa al vertido, de las aguas comunes y fecales procedentes del campus. La composición de las poblaciones microbianas residentes en el agua residual fue óptima para el tratamiento biológico de las aguas residuales, ya que las mismas mostraron un predominio de bacterias pertenecientes al grupo de Gammaproteobacteria (40.0±12.7%), seguido de Alphaproteobacteria (27.1±7.1%) y Betaproteobacteria (17.6±1.4%), así como un bajo porcentaje de Actinobacteria (13. 7± 7.1%). Sin embargo, debido a la naturaleza de las actividades que se llevan a cabo en el campus, se han presentado inestabilidades en lo que respecta a la densidad de la población microbiana residente y la eficiencia de la floculación. Usualmente, los problemas de floculación surgen debido a variaciones en la abundancia relativa y absoluta de especies de microorganismos críticos, y aunque se pueden utilizar floculantes químicos, se han reportado casos de toxicidad. En este sentido, la utilización de microorganismos productores de sustancias poliméricas extracelulares (EPS) con propiedades floculantes, representa una alternativa no tóxica que puede ser aplicada en este tipo de sistemas de tratamiento. En la presente investigación se evaluó el porcentaje de actividad floculante y la producción de EPS de algunos aislamientos bacterianos provenientes de suelo y agua residual. La actividad floculante de 14 aislamientos osciló entre 1.3- 20.7%, sin embargo, una cepa de Rhizobium tropici 166 y otra de Lysinibacillus sphaericus S6 exhibieron actividades DE 60.2 Y 87.3%, respectivamente, con picos máximos...
Exploración de nuevas asociaciones entre insectos sociales y actinomicetes en Costa Rica
(2016) Matarrita Carranza, Bernal; Pinto Tomás, Adrián Alberto
Los insectos sociales, como las hormigas y la mayoría de abejas y avispas, son muy susceptibles a las infecciones de entomopatógenos debido a las múltiples interacciones entre individuos, condiciones ambientales, gran disponibilidad de nutrientes en sus nidos y a la poca variabilidad genética que existe entre los insectos que componen una misma colonia. Así que, desde sus orígenes estos insectos han tenido que establecer mecanismos de defensa efectivos contra patógenos. Como parte de estos mecanismos se han descrito algunas asociaciones simbiontes entre insectos sociales y actinomicetes productores de antibióticos. En este tipo de asociaciones, las bacterias producen metabolitos secundarios con propiedades antimicrobianas que protegen a su hospedero o a las fuentes de alimento que estos almacenan en sus nidos. En este estudio mediante técnicas dependientes de cultivo se investigaron nuevas asociaciones entre actinomicetes y 29 especies diferentes de insectos himenópteros dentro de los grupos de abejas, hormigas y avispas. Mediante secuenciación de los marcadores moleculares ARNr 16S y GyrB, se identificaron 150 aislamientos de actinomicetes de los cuales el 92% se clasificaron dentro del género Streptomyces. Nuestros resultados de análisis filogenéticos indican que los aislamientos obtenidos se agrupan principalmente en cinco clados, cada uno compuesto por grupos de secuencias que comparten una identidad mayor al 99%. En el clado I se agruparon más del 30% de los aislamientos obtenidos. Nuestros resultados indican que este clado corresponde a un un linaje de Streptomyces previamente descrito, el cual está asociado a insectos (Fig 4). Además, sugieren que el mismo no solamente se extiende entre diversos grupos taxonómicos sino también desde zonas templadas a zonas tropicales. Adicionalmente se aislaron siete hongos entomopatógenos, los cuales fueron identificados mediante características morfológicas y marcadores moleculares...
Frecuencias de las mutaciones C282Y y H63D en el gen HFE asociado a la hemocromatosis hereditaria en familiares y pacientes con hemacromatosis, cirrosis criptogénica y diabetes tipo I que acuden a los servicios del Hospital San Juan de Dios, Costa Rica
(2010) Cordero Gómez, Carlos Alberto; Salazar Sánchez, Lizbeth
Recently a number of new genes involved in iron metabolism have been identified like participants in the molecular mechanisms of iron absorption, transport and reserve. The loss of regulation of iron absorption in the intestine is relates to the HFE gene mutation, this causes overload states in patients with classical hereditary hemochromatosis type l. C282Y homozygous mutation in the HFE gene is the most genetic disorder in patients with overload iron, represent 85% of hereditary hemochromatosis cases, causes damage organs and complications such as cirrhosis, diabetes and arthritis, among others. This study determined a frequency of 0.054 for C282Y homozygous mutation and a frequency of 0,027 for the mutation heterozygous H63D in patients diagnosed clinically with hereditary hemochromatosis, cryptogenic cirrhosis and type 1 diabetes mellitus from San Juan de Dios Hospital. Also could determine a frequency of 0,559 for the C282Y heterozygous mutation in relatives of patients who tested positive for mutations. The impact of this research is to make available health services a molecular laboratory test to help early diagnosis and appropriate for the type 1 hemochromatosis and be the first study on determined the presence of C282Y and H63D mutations in HFE gene in Costa Rica.
Implementación de una técnica de RT-PCR tiempo real para la detección de bornavirus
(2009) Barrantes Rodríguez, Xinia María; Bonilla Vargas, José Alberto
El virus de la enfermedad de Barna (VEB) es el agente causal de un desorden inmunopatológico en el sistema nervioso central que afecta varias especies de animales. En humanos se ha asociado con desórdenes psiquiátricos, desórdenes afectivos y esquizofrenia. La detección de VEB se ha basado en inmunohistoquímica, serología y tecnologías basadas en PCR. El establecimiento de un RT-PCR Tiempo real es una nueva herramienta para la detección de un virus de dificil detección. En este estudio se desarrolló un RT-PCR Tiempo Real para la detección de los ARN codificantes para las mayores proteínas virales, p40 (nucleoproteína) y p24 (fosfoproteína) para las cepas Barna V, Barna HE/80, y Barna H1766. Para la cepa No98, por su diferencia con el resto de las cepas, se diseñaron imprimadores y sondas específicas. Se realizaron diluciones de un control de estas secuencias insertas en un plásmido y se estimó una sensibilidad de hasta 100 copias de ARN viral/¿L. Se probaron 120 caballos de diferentes zonas del país y se detectaron 8 muestras positivas para p24 (6.6%) y 4 positivas para p40 (3.3%) para Barna V, Barna HE/80, y Barna H1766, y 2 positivas para p24 (1.6%) de la cepa No98, para un total de 12 muestras positivas (10%). También se probaron 50 muestras humanas, 25 muestras de pacientes bipolares I y 25 muestras control de personas aparentemente sanas. De los pacientes bipolares se detectaron 4 muestras positivas para p24 (16%) y 3 positivas para p40 (12%) para un total de 7 muestras positivas (28%) para las cepas Barna V, Barna HE/80, y Barna H1766. En las muestras control no se detectó VEB. Se detecta VEB en forma convincente en Costa Rica, y se reporta la gran especificidad y sensibilidad del PCR Tiempo Real.
Mutaciones en la proteína X del virus hepatitis B y su posible asociación con la progresión del cuadro clínico del paciente
(2005) León Rodríguez, Bernal Alberto; Herrero Uribe, Libia
Objetivo El propósito de este estudio fue determinar si las mutaciones T-A están presentes en portadores crónicos de VHB infectados con el genotipo F (genotipo más frecuente en Costa Rica) y determinar si estas mutaciones estuvieron asociadas con la progresión de la enfermedad causada por VHB durante un brote ocurrido en Costa Rica entre 1972 y 1985. Metodología Se realizó extracción, amplificación (PCR anidado), purificación y secuenciación de muestras de sueros de 50 personas infectadas por el virus de Hepatitis B. Se determinó la presencia de mutaciones y se hicieron análisis de genotipos y análisis estadísticos para demostrar si la asociación de las mutaciones con la severidad del daño hepático. Resultados y Conclusiones Del ADN del VHB presente en muestras de sueros de 50,48 secuencias pertenecían al genotipo F y dos fueron clasificadas como D o E. No se detectaron las mutaciones T-A en las secuencias obtenidas de las 17 muestras de pacientes agudos que se recuperaron; sin embargo, estas mutaciones se identificaron en 12 de 29 (42.8%) de portadores, p = 0.02, prueba exacta de Fisher dos colas. En una de estas muestras las mutaciones T-A se detectaron a los 29 días después de iniciados los síntomas. En 17 portadores que tenían un estudio de biopsia disponible, las mutaciones T-A fueron encontradas en 8 sueros de 13 pacientes con biopsia clasificada por el Índice Knodell como moderada o severa (61.5%) y en ninguna de las 4 biopsias catalogadas con lesión leve. Sin embargo, el resultado no fue estadísticamente significativo por la prueba exacta de Fisher dos colas, p = 0.08. De 4 pacientes con diagnóstico de CHC, 2 presentaron las mutaciones T-A en las secuencias asiladas de estas muestras. Las mutaciones T-A fueron encontradas en pacientes crónicos infectados con el genotipo F del VHB pero no en pacientes agudos recuperados. Más estudios son necesarios para establecer si las mutacioes T-A pueden ser usadas como marcador...
Panel de Gtpasas glicosiladas por diferentes TcdBs de Clostridium difficile y su relación con el potencial patogénico de distintas cepas
(2016) López Ureña, Diana; Chaves Olarte, Esteban
Estudios recientes han demostrado que TcdB es el principal factor de virulencia de Clostridium difficile y que las variaciones en virulencia que se presentan entre las distintas cepas, podrían estar relacionado con esta toxina, tal como en el caso de la cepa epidémica NAP1 y las cepas que presentan una TcdB variante, Sin embargo, no se conoce con exac titud cuál es el papel que tienen estas distintas TcdBs sobre el potencial1 patógeno de las cepas. Por tanto, en este trabajo se analizaron cuatro toxinas distintas (TcdBNAP1, TcdBNAP1v , TcdBNAP9 y TcdBvpI10453) con el fin de dilucidar el papel del panel de sustratos modificados por estas proteínas en la patogénesis de C. difficíle. Por medio de ensayos de glicosilación se determinó el espectro de GTPasas modificadas, y se determinaron los efectos celulares inducidas por las distintas TcdBs en términos de efecto citopático (CPE), muerte celular y activación inmune. Asimismo , se evaluó el potencial patogénico asociada a cada TcdB. por medio del ensayo de asa ligada en ratón. Por medio de ensayos in vítro y ex vívo se determinó que TcdBNAP1 es capaz de glicosilar un panel más amplio de sustratos. Esta toxina es capaz de glicosilar a las GTPasas Rho y Ras, mientras que TcdBvP10463 sólo modifica a RhoA, Rac1 y Cdcd42, y TcdBNAP1v y TcdBNAP9 glicosilan a Rac1 y R-Ras. Una comparación de la cinética de estas proteínas en distintas líneas. celulares ireveló die manera indirecta, que la tasa de entrada a las células eucariotas es similar para todas las toxinas a pesar de que sólo TcdBNAP1 y TcdBNAP1v comparten los dominios de unión al receptor y de autoprocesamiento. En cambio, el tipo de CPE causado por cada toxina seasocia a un dominio glicosiltransferasa (GTD) similar. Aunado a esto, los eventos biologicos asociados a la intoxicación parecen relacionarse con el pane de sustratos...

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Examinando Maestría Académica en Microbiología por Título

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