Maestría Académica en Microbiología
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Examinando Maestría Académica en Microbiología por Materia "BACTERIAS GRAMPOSITIVAS"
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Ítem Análisis del impacto de los elementos genéticos móviles del genoma accesorio y las mutaciones del genoma central en la microdiversificación de la cepa NAP CR1 de Clostridium Difficile: Analysis of the impact of mobile genetic elements from the accessory genome and mutations from the core genome in the microdiversification of the Clostridium difficile NAP CR1 strain(2016) Murillo Corrales, Tatiana Sonia; Rodríguez Sánchez, César AugustoClostridium difficile, el principal agente productor de diarreas a nivel hospitalario, se caracteriza por tener un genoma central pequeño y un mobiloma muy diverso. Análisis previos de la cepa epidémica NAP1/ST01 concluyeron que la especie es clonal. Sin embargo, estudios recientes sugieren que otros linajes de C. difficile pueden diversificar por recombinación y/o adquisición de elementos genéticos móviles (EGM) en lugar de mutaciones discretas. Un grupo diverso de aislamientos con patrones de macrorestricción distintivos pero todos agrupados por PFGE y MLST como NAPcR1/ST54 produjo, en conjunto con la cepa NAP1/ST1, un brote en Costa Rica por razones aún no conocidas. Para confirmar que la inusual diversidad de NAPcR1 es producto principalmente de la microdiversificación de su genoma accesorio y no de la acumulación de mutaciones en el genoma central, se compararon aislamientos clínicos de NAPcR1/ST54y NAP1/ST1 que coexistieron en espacio y tiempo. A esta colección de secuencias genómicas se les determinó el número y tipo de SNPs en el genoma central, la tasa dN/dS, el tamaño del pangenoma, la cantidad de grupos de genes únicos y la presencia de EGM diferenciales. Los resultados indicaron que ambos pulsotipos acumulan mutaciones pero que las cepas del pulsotipo NAP1/ST1 tienen más mutaciones no-sinónimas y que, por tanto, están bajo el efecto de la selección purificadora positiva. Por el contrario, las cepas NAPcR1/ST54 tienen un genoma accesorio y un pangenoma más grande, diverso y con más EGM. Estos EGM se asociaron a microdiversficación porque su presencia/ausencia coincide con la topología de un árbol de máxima parsimonia generado con matrices de comparación pangenómica. Cuando las secuencias de algunos EGM fueron removidas artificialmente de los genomas NAPcR1/ST54, las distancias de las ramas en un árbol de presencia/ausencia de grupos de genes en el pangenoma colapsaron. La secuencia de estos EGM incluye genes...Ítem Exploración de nuevas asociaciones entre insectos sociales y actinomicetes en Costa Rica(2016) Matarrita Carranza, Bernal; Pinto Tomás, Adrián AlbertoLos insectos sociales, como las hormigas y la mayoría de abejas y avispas, son muy susceptibles a las infecciones de entomopatógenos debido a las múltiples interacciones entre individuos, condiciones ambientales, gran disponibilidad de nutrientes en sus nidos y a la poca variabilidad genética que existe entre los insectos que componen una misma colonia. Así que, desde sus orígenes estos insectos han tenido que establecer mecanismos de defensa efectivos contra patógenos. Como parte de estos mecanismos se han descrito algunas asociaciones simbiontes entre insectos sociales y actinomicetes productores de antibióticos. En este tipo de asociaciones, las bacterias producen metabolitos secundarios con propiedades antimicrobianas que protegen a su hospedero o a las fuentes de alimento que estos almacenan en sus nidos. En este estudio mediante técnicas dependientes de cultivo se investigaron nuevas asociaciones entre actinomicetes y 29 especies diferentes de insectos himenópteros dentro de los grupos de abejas, hormigas y avispas. Mediante secuenciación de los marcadores moleculares ARNr 16S y GyrB, se identificaron 150 aislamientos de actinomicetes de los cuales el 92% se clasificaron dentro del género Streptomyces. Nuestros resultados de análisis filogenéticos indican que los aislamientos obtenidos se agrupan principalmente en cinco clados, cada uno compuesto por grupos de secuencias que comparten una identidad mayor al 99%. En el clado I se agruparon más del 30% de los aislamientos obtenidos. Nuestros resultados indican que este clado corresponde a un un linaje de Streptomyces previamente descrito, el cual está asociado a insectos (Fig 4). Además, sugieren que el mismo no solamente se extiende entre diversos grupos taxonómicos sino también desde zonas templadas a zonas tropicales. Adicionalmente se aislaron siete hongos entomopatógenos, los cuales fueron identificados mediante características morfológicas y marcadores moleculares...